Skip to content

Drugi pandemiczny szczep Vibrio cholerae z epidemii cholery z Filadelfii w 1849 roku AD 4

2 miesiące ago

443 words

Prawdopodobne jest również posiadanie tych samych pozycji CTX co szczep O395, ponieważ wydaje się, że ma identyczne chromosomalne regiony flankujące, chociaż obserwowane przy małym pokryciu. Jednak jego konfiguracja proponu CTX, która różni się między szczepami, 4,17 nie zaobserwowano dotychczas w klasycznych szczepach; odczyty odczytu wskazują, że istnieje powtarzalny zakres powtórzeń CTX (rys. S8 i S9 w Dodatkowym dodatku 1) na jednym lub obu chromosomach, bez odczytywanych zespołów potwierdzających obecność skróconego powtórzenia CTX, typowego dla nowoczesnych klasycznych szczepów (ryc. S10 w dodatkowym dodatku 1). Ludzkie mitochondrialne i jądrowe DNA
Całkowity genom mitochondrialnego DNA od pacjenta z cholerą został odzyskany z głębokością pokrycia 149,0 ×, a odczyty wykazują typowy profil uszkodzenia antyków starożytnych (ryc. S4C w Dodatkowym dodatku 1) .16 Konsensusowa sekwencja należy do haplogrupy L3d1b3, znalezionej dzisiaj w Afryce Subsaharyjskiej w zachodniej A.18 Czyta pasujące allele allelu X i Y amelogeniny sugerują, że ten pacjent był mężczyzną, chociaż zasięg w tych regionach był słaby.
Geneza i ewolucja V. cholerae
Figura 3. Figura 3. Analiza ewolucyjna Vibrio cholerae. Panel A pokazuje drzewo filogenetyczne maksimum wiarygodności El Tor i klasyczne (w tym PA1849) szczepy (28 591 miejsc SNP) V. cholerae obecne w genomie Phylocore (PG) grupy PG-1 i PG-2. Nazwy szczepów są rozszerzane, aby podać miejsce i datę izolacji. Gałęzie są oznaczone kolorami, aby dopasować je do geograficznego rozkładu szczepów, jak pokazano na Rys. S6 w Dodatku Uzupełniającym 1. Przedstawiono szacunki czasów rozbieżności (95% najwyższych przedziałów gęstości tylnej) kluczowych węzłów uzyskanych z oddzielnej analizy datowania z zegarem molekularnym . Znaki zapytania wskazują kluczowe węzły, szczególnie węzły PG, w których kombinacja wielu substytucji i rekombinacji utrudnia próby dokładnego oszacowania czasów rozbieżności. Długość gałęzi są skalowane do liczby podstawień nukleotydów na miejsce SNP, a wartości wsparcia ładowania początkowego większe niż 90% w kluczowych węzłach są oznaczone gwiazdką. Liczby zdarzeń rekombinacji w obrębie (zakrzywione strzałki dwukierunkowe) i pomiędzy (pionowa strzałka dwukierunkowa) grup PG-1 i PG-2, jak również w PG-1 i PG-2 od nieznanych rodziców (strzałki poziome) , są również wyświetlane. Panel B pokazuje drzewo o największej wiarygodności dla ewolucji klasycznych szczepów PG-2 (z wyjątkiem L7) w przewidywanym czasie chronologicznym. Wszystkie czasy zakończenia są ustawione na czas próbkowania, jak pokazano na osi X. Wartości prawdopodobieństwa tylnego większe niż 0,90 są oznaczone gwiazdką. 7P oznacza klad siódmy pandemiczny.
Nasza analiza filogenetyczna ujawniła główny podział między liniami PG-1 i PG-2 (ryc. 3)
[hasła pokrewne: stopnie upośledzenia umysłowego tabela, psychoterapia psychodynamiczna wrocław, leczenie periodontologiczne ]

Powiązane tematy z artykułem: leczenie periodontologiczne psychoterapia psychodynamiczna wrocław stopnie upośledzenia umysłowego tabela