Skip to content

Drugi pandemiczny szczep Vibrio cholerae z epidemii cholery z Filadelfii w 1849 roku AD 3

2 miesiące ago

423 words

Zatwierdzenie etyki do badania uzyskano z Hamilton Health Sciences i McMaster University. Wyniki
Historyczny genom V. cholerae
Rekonstruowaliśmy projekt genomu V. cholerae (PA1849) na przeciętnej wyjątkowej głębokości pokrycia 15,0 ×, zawierającej 94,8% szczepu referencyjnego O395 o pokryciu co najmniej 1,0 × i różniącym się od 203 SNP (patrz Dodatek 2). Jeżeli regiony nie występujące w PA1849 (patrz poniżej) są wykluczone, wówczas 97,4% sekwencji odniesienia występuje na średniej głębokości pokrycia wynoszącej 15,4 ×. Regiony szczepów referencyjnych O395, które nie są objęte naszymi danymi sekwencjonowania, mogłyby reprezentować brakujące, uporządkowane lub bardzo rozbieżne regiony w samym historycznym genomie; może być wynikiem zachowania lub błędów proceduralnych (np. słabo zachowanych regionów bogatych w AT, spolaryzowanej amplifikacji i nierównego wzbogacenia7,15); lub oba. Fragmenty DNA V. cholerae mają typowe pradawne wzorce uszkodzeń DNA (ryc. S4 w dodatkowym dodatku 1) .16 Ogólnie, zasięg pokrywa się silnie z zawartością GC w większości regionów (ryc. 2 i ryc. S3 w dodatku uzupełniającym 1).
Wyspy genomowe i czynniki wirulencji
Szczep PA1849 ma następujące genomowe wyspy genomowe (PG): szczepy O395: O1, wyspy patogenetyczne i 2 (VPI-1 i VPI-2) oraz od GI-1 do GI-10 (tabela S3 w dodatku Załącznik 1); dodatkowo PA1849 posiada wyspy PG-2 GI-23 (domniemany profag występujący dzisiaj tylko w klasycznych szczepach O395 i RC27) i GI-24 (domniemany profag z CRISPR [skupione regularnie połączone krótko-palindromowe białka wtórne]) ( Figura 2) .4 Szczep PA1849 nie ma GI-11, GI-14 ani GI-21; brak tych oznaczeń geograficznych sugeruje, że zostały nabyte po 1849 r. przez nowoczesne klasyczne szczepy.
Szczep PA1849 zawiera wszystkie znane główne regiony wirulencji (np. VPI-1, VPI-2 i profil CTX) wspólne dla klasycznego V. cholerae, ale nie ma nieklasycznych regionów lub wariantów genomowych (np. VSP-I i VSP-II) ( Tabele S3 i S4 w Dodatku 1). Średnia zawartość GC dla tych loci nie jest znacząco niższa niż w dobrze odzyskanych regionach genomowych, co sugeruje, że brak loci jest mało prawdopodobny jako artefakt zachowania. VPI-1 ma niższy niż przeciętny zasięg (7,5 ×, wobec 15,0 ×), co prawdopodobnie wynika z jego stosunkowo niskiej zawartości GC (35%, wobec 46,7% dla całego genomu), a nie jego braku w genom historyczny (ryc. 2). W stosunku do regionu w szczepie O395, VPI-1 w szczepie PA1849 zawiera jeden synonimowy SNP (w tcpA), a VPI-2 zawiera cztery SNP.
Podobnie jak szczep O395, szczep PA1849 zawiera klasyczne warianty ctxB i rstR i oczekiwaną delecję w chromosomie RTX o dużym chromosomie
[przypisy: stopnie upośledzenia umysłowego tabela, sonoforeza wskazania, rehabilitacja prądy ]

Powiązane tematy z artykułem: rehabilitacja prądy sonoforeza wskazania stopnie upośledzenia umysłowego tabela