Skip to content

Drugi pandemiczny szczep Vibrio cholerae z epidemii cholery z Filadelfii w 1849 roku AD 2

1 miesiąc ago

426 words

Jedna niezwykła kolekcja zawiera zachowane jelito od pacjenta, który zmarł na cholerę w wybuchu epidemii w Filadelfii w 1849 r. (Ryc. 1), zebrane przez doktora Johna Neilla. Łącząc ukierunkowane wzbogacanie z sekwencjonowaniem o wysokiej wydajności, 7 wykorzystaliśmy śladowe zdegradowane DNA z tego okazu, aby zrekonstruować genom V. cholerae z połowy XIX wieku i przetestować hipotezę, że klasyczny biotyp O1 był odpowiedzialny za drugą pandemię cholery. Metody
Rysunek 2. Rysunek 2. Genom PA1849. Opisane są oba chromosomy genomu szkicu PA1849 w porównaniu z genomem referencyjnym O395 (NC_009456 i NC_009457). Pierścień znajdujący się najbliżej środka (w kolorze zielonym i czerwonym) pokazuje zawartość GC O395 w kolejnych oknach o 1000 bp (szara linia osi oznacza średnią genomu wynoszącą 47,5%); następny pierścień pokazuje chromosomy (z dużym chromosomem pokazanym na niebiesko i małym chromosomem pokazanym na pomarańczowo) mierzonym w kilobazach, z głównymi wyspami genomowymi (GI), wyspami patogennymi wibrio (VPI), fagami toksyny cholery (CTX) i toksynami – połączone ze znakami tajemniczymi (TLC); następny pierścień pokazuje polimorfizmy pojedynczego nukleotydu (SNP) w porównaniu z O395 (czarne kółka oznaczają niesynonimowe, szare synonimy i białe niekodujące SNP); a zewnętrzny pierścień pokazuje unikalne pokrycie w kolejnych oknach o długości 100 pz (szare linie oznaczają 25 × i 50 × pokrycie).
Wyekstrahowaliśmy DNA za pomocą protokołu ekstrakcji organicznej i przekonwertowaliśmy wyekstrahowane DNA do bibliotek sekwencjonowania Illumina8 w dedykowanych urządzeniach antycznego DNA. Następnie wzbogaciliśmy biblioteki o klasyczny genom O1 (szczep O395, NCK00_006 i NC_009457), jak również o regiony nie występujące w klasycznych szczepach (np. VII-pandemiczne wyspy vibriiczne I i II [VSP-I i VSP-II]), ludzki genom mitochondrialny i amelogeninę X i Y oraz inne regiony. Zmapowaliśmy wycinkę z odczytem na szczep O395 za pomocą Burrows-Wheeler Aligner, wersja 0.5.9rc1 (wydanie 1561), 9 dopasowaliśmy uzyskaną sekwencję konsensusową do 31 pełnych genomów (Tabela S2 w Dodatkowym dodatku 1, dostępna z pełnym tekstem ten artykuł na) za pomocą Mauve, 10 nazwanych SNP z niestandardowym skryptem PERL i wizualizowanych cech sekwencji w porównaniu z tymi z odkształcenia O395 z użyciem Circos, wersja 0.36-411 (Figura 2). Użyliśmy Gblocks12 do przycinania wstawek, delecji i potencjalnych niedopasowań, co skutkowało ostatecznym wyrównaniem 28 591 SNP, które wykorzystaliśmy w analizie filogenetycznej Bayesian14 o największej wiarygodności13.
Nasze pełne metody i wyniki są dostępne w Załączniku Uzupełniającym 1. Sekwencje można znaleźć w archiwum Sekwencja odczytu (www.ncbi.nlm.nih.gov/sra) pod numerem dostępu do projektu BioProject SRP029921
[podobne: przetargi medyczne, wyposażenie stajni, ortopeda warszawa ]

Powiązane tematy z artykułem: ortopeda warszawa przetargi medyczne wyposażenie stajni